Ao nível internacional, representa El Salvador. A sua principal função em campo é Defesa.

Ao longo de Qualificação para o Campeonato do Mundo FIFA (CONCACAF) 2026, Diego Flores Sánchez participou em 5 jogos e teve médias de 2 desarmes, 0.8 intercepções, 0.6 alívios e 0 remates bloqueados por jogo.