Saat ini ia membela Tartu JK Welco dan mengenakan nomor punggung 24. Posisi utamanya di lapangan adalah sebagai Bek. Kaki terkuatnya adalah Kanan. Estimasi nilai pasar terkininya berada di angka 25K €.

Transfer terbarunya membuat ia bergabung dengan Tartu JK Maag Tammeka dari JK Welco Elekter melalui skema Pinjaman pada 2026-12-30.

Selama Esiliiga Estonia 2025, Mihkel Sepp tampil dalam 17 pertandingan dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, 0 sapuan, dan 0 blok tembakan per laga.