Forma parte de NK Istra 1961 y lleva la camiseta número 13. Su función principal en el campo es Defensor. Su valoración de mercado estimada se sitúa actualmente en 400K €.

Su último traspaso lo llevó a Dinamo Zagreb desde NK Dubrava mediante Préstamo el 2026-06-29.

A lo largo de Liga de Fútbol de Croacia 2025-2026, Niko Šepić jugó 7 partidos y promedió 1 entradas, 0.4 intercepciones, 1.3 despejes y 0 tiros bloqueados por partido.