Forma parte de FK Žalgiris Vilna y lleva la camiseta número 14. Su función principal en el campo es Defensor.

A lo largo de Liga Juvenil de la UEFA 2024-2025, Martynas Šetkus jugó 2 partidos y promedió 5.5 entradas, 1.5 intercepciones, 1.5 despejes y 0 tiros bloqueados por partido.