A nivel internacional, juega para Islas Feroe Sub-21. Su función principal en el campo es Defensor.

A lo largo de Clasificación para el Campeonato de Europa Sub-21 de la UEFA 2025-2027, Jákup Norðoy Vilhelmsen jugó 6 partidos y promedió 0 entradas, 0 intercepciones, 0 despejes y 0 tiros bloqueados por partido.